Os microbiomas respiratórios são a comunidade microbiana pulmonar que consiste em uma variedade complexa de microrganismos encontrados no trato respiratório inferior, particularmente na camada mucosa e nas superfícies epiteliais. Esses microrganismos incluem bactérias, fungos, vírus e bacteriófagos. A parte bacteriana da microbiota tem sido estudada mais de perto. Consiste em um núcleo de nove gêneros: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus e Streptococcus. Eles são aeróbios, bem como bactérias anaeróbias e aerotolerantes. As comunidades microbianas são altamente variáveis em indivíduos específicos e compõem cerca de 140 famílias distintas. A árvore brônquica, por exemplo, contém em média 2.000 genomas bacterianos por centímetro quadrado de superfície. As bactérias nocivas ou potencialmente nocivas também são detectadas rotineiramente em amostras respiratórias. Os mais significativos são Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae e Streptococcus pneumoniae. Eles são conhecidos por causar distúrbios respiratórios em condições específicas, nomeadamente se o sistema imunológico humano estiver prejudicado. O mecanismo pelo qual persistem nas vias aéreas inferiores em indivíduos saudáveis é desconhecido. Os gêneros de fungos comumente encontrados constituem o micobioma pulmonar, na microbiota do pulmão, e incluem Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces e Aspergillus, entre outros.