Abstrato

Avaliação de métodos de extração de ADN e de solução de preservação de ADN para estudar as comunidades microbianas do solo

 Paulo Iturbe-Espinoza  

 Durante a sequenciação de alto rendimento, a composição da comunidade microbiana resultante pode ser alterada quando o ADN é purificado incompleto ou pela atividade da DNase. Os objetivos são estimar os enviesamentos associados à purificação de ADN de solos e avaliar o efeito de uma solução de preservação de ADN na composição da comunidade microbiana. Para tal, as eficiências das extrações de ADN foram comparadas entre estirpes únicas, uma mistura de estirpes e comunidades microbianas do solo. O gene 16S do RNA ribossómico dos solos foi amplificado e sequenciado para comparar as diferenças estruturais das comunidades microbianas resultantes de dois kits comerciais de purificação de DNA. Além disso, foram recolhidas amostras de solo no Delta da Nigéria e transportadas para a Holanda utilizando uma solução de preservação de ADN para avaliar a estabilização da comunidade microbiana de ADN. Os resultados sugerem um viés na quantificação de Gram positivos que está significativamente relacionado com a capacidade de lise celular dos kits de extração de ADN. Este enviesamento teria repercussões importantes nos estudos de ecologia microbiana, onde a abundância e a função dos Gram-positivos poderiam ser subestimadas.