Abstrato

Aceleração da pesquisa do microbioma intestinal com recolha robusta de amostras

Zoe Zreloff, Danielle Lange, Suzanne Vernon, Martha Carlin, Raul Cano

Enquadramento : A qualidade inferior do material biológico compromete os dados, atrasa a descoberta e desperdiça fundos de investigação. O microbioma intestinal desempenha um papel crítico na saúde e nas doenças humanas, mas pouca atenção tem sido dada à optimização dos métodos de recolha e processamento das fezes humanas.

Métodos: Recolhemos toda a evacuação de 2 voluntários saudáveis: um para examinar a heterogeneidade da amostra de fezes e outro para testar os parâmetros de manuseamento da amostra de fezes. Análises de sequenciação e bioinformática foram utilizadas para examinar a composição do microbioma.

Resultados: O perfil do microbioma variou consoante o local onde a subamostra foi obtida nas fezes. O córtex exterior das fezes era rico em filos específicos e deficiente noutros, enquanto o núcleo interior das fezes revelava perfis de microbioma opostos. O processamento das amostras resultou também em perfis variados de microbioma. A homogeneização e a estabilização a 4ºC proporcionaram perfis de diversidade microbiana superiores em comparação com as subamostras frescas ou congeladas da mesma amostra de fezes. A proliferação bacteriana continuou na subamostra fresca quando processada à temperatura ambiente. Os Bacteroidetes proliferaram e os Firmicutes diminuíram durante os 30 minutos de processamento da amostra fresca. A amostra congelada apresentou uma boa diversidade geral, mas as Proteobactérias diminuíram provavelmente devido à congelação/descongelação.

Conclusão: O perfil do microbioma é específico da secção das fezes que está a ser amostrada. A recolha, homogeneização e estabilização de amostras de fezes a 4ºC durante 24 horas fornecem uma amostra limpa e de elevada qualidade em quantidade suficiente que pode ser armazenada em alíquotas com perfis de diversidade microbiana quase idênticos. Este pipeline de recolha é essencial para acelerar a nossa compreensão do microbioma intestinal na saúde e na doença.