A Microbiologia Farmacêutica é um ramo aplicado da Microbiologia. Envolve o estudo de microrganismos associados à fabricação de produtos farmacêuticos, por exemplo, minimizando o número de microrganismos em um ambiente de processo, excluindo microrganismos e subprodutos microbianos como exotoxina e endotoxina da água e outros materiais de partida, e garantindo que o produto farmacêutico acabado seja estéril. Revistas de microbologia farmacêutica: Microbiologia Aplicada e Ambiental, Journal of Clinical Microbiology, Molecular Microbiology, Clinical Microbiology Reviews, Microbiology and Molecular Biology, Nature Reviews Microbiology, Annual Review of Microbiology, Applied Microbiology and Biotechnology, Trends in Microbiology.