Este assunto trata das técnicas, aplicações e resultados em relação à evolução, para ser mais específico, a filogenia trata da divergência de espécies com referência às suas propriedades moleculares, geográficas e outras. Em geral, a divergência de diferentes espécies é calculada dependendo das características sinônimas e não-sinônimas das sequências, a estimativa da taxa evolutiva é realizada e a compreensão científica relacionada à pressão de seleção sobre determinados genes, proteínas ou organismos seguindo a teoria neutra é considerada sob este assunto.
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